В Кулсвилле, штат Огайо, на городской ярмарке происходит распродажа бездомных собак, но никто не обращает внимание на Скуби-Ду. На обратном пути в приют для животных грузовик налетает на кочку, из-за чего пес вместе с клеткой вываливается на дорогу. Блуждая по окрестностям до глубокой ночи, он идет через кладбище и видит двух призраков. От страха собака бежит к близлежащему дому и впрыгивает в окно, оказавшись в комнате Шегги Роджерса. Парень берет пса на учебу, оба ввязываются в неприятности и отправляются отбывать наказание в школьную библиотеку, где знакомятся с Фредом Джонсом, Велмой Динкли и Дафной Блейк. На этот раз привидения начинают терроризировать школу, из-за чего четверо учеников образуют команду по борьбе с нежитью.