Фильм снят по мотивам компьютерной игры «Assassin's Creed», завоевавшей сумасшедшую популярность во всем мире и ставшей одним из самых успешных творений современной компьютерной индустрии. Сюжет фильма, так же как и игры, основан на многовековом бескомпромиссном противостоянии Ордена тамплиеров и Братства Ассассинов.После того как его официально казнили, Каллум Линч, опасный преступник-рецидевист, внезапно приходит в себя в тайной лаборатории, где его ставят перед фактом, что для всего мира он официально перестал существовать. Линча заставляют принять участие в научном эксперименте, поместив его Анимус – специальную машину, которая считывает генетическую память человека, путём расшифровки его ДНК, и проецирует её в 3D, при этом заставляя подопытного пережить и испытать на себе все воспоминания предка. Благодаря Анимусу, наш герой получает возможность пережить события, которые происходили с его предком Агиларом – таинственным ассассином, жившим около пятисот лет назад в Испании во времена расцвета испанской инквизиции. Благодаря так называемому «эффекту просачивания» вместе с воспоминаниями к Линчу приходят уникальные навыки ведения боя, которыми обладал смертоносный предок. И теперь нашему герою нужно будет продолжить извечную борьбу с Орденом тамплиеров, существующим в современном мире в виде могущественной высокотехнологичной корпорации.