Прошел уже год с последнего нападения Годзиллы. Пока граждане приходят в себя, военные в спешке ремонтируют гигантского робота под названием Мехагодзилла, ведь только он сможет защитить людей в случае опасности. Однажды, две маленькие феи прибывают в Японию, чтобы предупредить людей о грядущей опасности. Дело в том, что кости Годзиллы, которые использовались при строительстве Мехагодзиллы, нужно немедленно вернуть в океан и оставить их там навсегда, а иначе Мотра - гигантское насекомоподобное существо, будет вынуждено объявить войну человечеству.