В 1992 году Организация Объединенных Наций намерена любыми способами остановить Годзиллу, поэтому она учреждает Центр противодействия монстру, военное подразделение которого занимается строительством воздушного боевого корабля под названием Гаруда и гигантского робота – Мегагодзиллу. Два года спустя японские ученые находят яйцо чудовища и доставляют его в исследовательский центр в Киото для подробного изучения. Вслед за малышом отправляется и взрослый монстр, поэтому на помощь японцам отправляется недавно построенная машина.