В 1996 году сотрудник Центра противодействия Годзилле отправляется на остров, чтобы наблюдать за поведением двух огромных монстров, но обнаруживает, что территория полностью уничтожена. Спустя некоторое время Годзилла, чье поведение вновь вышло из-под контроля, появляется в Гонконге и приступает к методичному уничтожению мегаполиса. По мере того как возникает угроза того, что монстр может взорваться, а его сердце, действующее как ядерный реактор, уничтожит все живое на многие километры, ученые пытаются заморозить Годзиллу, тем самым снизив его температуру. Однако возникает другая проблема, поскольку в городе появляется орда небольших существ, созданных из клеток монстра и несущих угрозу человечеству…