Действия фильма разворачиваются в будущем. Планете ничего не угрожает, и межгалактический корабль под командованием капитана Джеймса Т. Кирка возвращается на Землю. Вернувшись, члены команды «Энтерпрайз» обнаруживают, что кто-то проник в Федерацию и разрушает ее изнутри. Лучшие агенты организации совершают ужаснейшие преступления по всему миру, погружая Землю в хаос. Таинственный враг намерен уничтожить все, что есть на планете. Снарядив корабль самым современным оружием, капитан Кирк вместе со своей верной командой отправляется на поиски злодея…