Действия картины разворачиваются спустя некоторое время после событий показанных в прошлой части фильма, в результате которых одна из подопечных профессора Чарльза Ксавьера Джин Грей погибла. Все произошедшее привело к тому, что между его учениками появилось много разногласий. Однажды Скот Саммерс по прозвищу «Циклоп», который был парнем Джин, и очень сильно любил девушку, отправляется на место ее гибели. Там он становится свидетелем того, как та воскресает в облике Темного Феникса, перейдя тем самым совершенно на новый уровень мутации. Ксавьер понимает, что теперь Джин Грей невероятно сильна и не управляема, что ставит под удар все человечество. В это время людям удается найти лекарство, способное превратить всех мутантов в обычных людей, тем самым лишив уникальных способностей. Впереди человечество, подопечных Ксавье и Магнето ждет решающая битва, которая, наконец, решит исход всей войны.