И так далеко не лёгкая обстановка вокруг жизни мутантов в мире людей, накалилась еще сильнее, после того, как разгорелось уже открытое противостояние между профессором Ксавье, который хочет чтобы мутанты жили в мире и согласии с людьми, и Магнетто. Последний уверен, что человечество ничтожно и слабо, и поэтому мутанты просто обязаны господствовать в мире. В это время человек по имени Уильям Страйкер, бывший военный проводивший опыты на мутантах, организовывает движение, направленное на борьбу с мутантами. Одним из его подопытных был когда-то и Логан, но он ничего об этом не помнит. Однако, как только Росомаха пытается во всем разобраться, и вспомнить прошлое, Страйкер сразу же инициирует программу по уничтожению мутантов, и совершает нападение на школу находящуюся под управлением профессора Ксавье.В свете сложившейся ситуации Ксавье и Магнето, который смог сбежать из специально созданной для него пластмассовой тюрьмы, не остается ничего другого, как объединить свои усилия, и дать отпор общему врагу.