В центре повествования группа отважных воинов, которые уже не раз спасали город от различных опасностей, и готовы снова прийти на помощь в трудную минуту. Однажды в городе происходит целая серия загадочных происшествий и главные герои начинают собственное расследование, чтобы выяснить, что здесь творится. Вскоре выясняется, что коварный Шреддер задумал погрузить город во мрак и теперь Черепашкам-Ниндзя, вместе со своей верной подругой, молодым репортером по имени Эйприл, предстоит дать отпор злодею и во что бы то ни стало помешать ему воплотить свой злодейский план.