В августе 1967 года была запущена секретная правительственная программа по созданию генетически модифицированных наемных убийц, лишенных страха и каких-либо недостатков, но вскоре была закрыта. История разворачивается годы спустя и сосредоточена вокруг агента 47, одного из лучших киллеров своего времени, чье имя состоит лишь из двух цифр, вытатуированных у него на затылке. Он разыскивает Катю Ван Дис, но не для того, чтобы устранить, а защитить от оперативников враждебной организации Синдикат, желающей с помощью девушки выйти на ее отца, доктора Петра Ароновича Литвенко, в свое время стоявшего у истоков той самой программы.