На дворе концовка девятнадцатого века. В центре внимания сюжета оказывается Гаргойл - лидер империи Атлантов, которая возрождается и обещает изменить мир. К тому же, наука и технологии обретают немыслимый размах, что заставляет человечество по-новому взглянуть на ближайшее будущее. Тем временем Надя вместе с Жаном, гениальным изобретателем, а также Немо отправляются в большое путешествие. Главные герои стремятся спасти мир от надвигающейся скрытой угрозы в лице представителей Атлантов. На своей потрясающей субмарине Наутилусе команда во главе с отважной героиней вступает в неравный бой.