Япония, да и вся Земля в опасности. Вернулись таинственные и безжалостные Aragami. Под их атаки попала столица Страны Восходящего солнца, а в перспективе – завоевание всего мира. Неожиданным препятствием для них стала простая старшеклассница Momiji. Хотя простой девочка лишь кажется. На самом деле, она носительница так называемого «голубого семечка», бобов magatama. Эти бобы, по преданиям, являются сердцем и вместилищем душ Aragami.
Для борьбы с захватчиками создано правительственное агентство.
К противникам пришельцев присоединяется Kusanagi Mamoru, также носитель семечка. Его цель – отомстить похитителям его близких. Вся эта компания действует на удивление дружно, ведь на кону свобода и жизнь тысяч людей.