Сюжетная линия аниме "Прекрасный библиотекарь" строится вокруг Кётаро Какеи, обычного старшеклассника не совсем обычной школы Сиоми. Примечательно, что в этой школе есть библиотека «Дайтосёкан» , способная составить конкуренцию даже национальной Японской библиотеке.Эту библиотеку регулярно посещает наш герой. Стоит упомянуть, что в школе учится не много не мало пятьдесят тысяч учеников. В такой серой массе не мудрено и затеряться, потеряв свое лицо и индивидуальность. Но Какэй без труда выделяется на общем фоне товарищей по альма-матер. Паренек не любит прозябать в популярных спортивных секциях. или же в астрономических клубах, он любит книги. Все свое свободное время он посвящает посещению библиотеки и чтению книг. Но это не единственное его достоинство, еще он способен предчувствовать неприятности. Однажды наш герой получает сообщение от анонимное сообщение о скорых изменениях в его судьбе. Не придав изначально значения этому, Кётаро вскоре пожалел о своей неосмотрительности, внезапно он предчувствует беду в районе железной дороги. Поспешив на место он успел спасти жизнь Цугуми Ширасаки, своей новой одноклассницы и весьма симпатичной девочке. Вскоре Цугуми Ширасаки вступает в литературный кружек, членом которого уже долгое время является Кётаро. И вот тут то все и началось...