Восемь лет минуло с начала оригинальной истории вселенной Макроса. Теперь зрители наконец-то узнают продолжение истории о пути двадцать пятого колонизационного флота "Макросс Фронтир" в центральную галактику. История же началась с того, как некогда высокотехнологичный разведчик был уничтожен неизвестной формой жизни, которая называет себя ваджр. Эта форма жизни незамедлительно решает атаковать весь колонизационный флот! Двадцать пятый флот терпит поражение, ведь устоять перед силами пришельцев нет возможности. Командование же не стоит в стороне. Начинается настоящая война, в ход которой вмешиваются истребители-варитеки, способные побороть даже самых сильных врагов. Но что же будет дальше?